Franziskanerkirche wird Pfarrkirche

Noch ein anderes Ereignis hatte die Aufhebung des Klosters beschleunigt – der große Brand 1808 zerstörte auch die innerhalb der Stadt liegende Nikolaikapelle und das Stift Zwettl zeigte sich daher an einem Erwerb des aufgelösten Klosters sehr interessiert. Nach kurzer Verhandlung wurden Kloster und Kirche um den Kaufpreis von tausend Gulden Wiener Währung erworben, verbunden mit der Verpflichtung zur Anstellung eines dritten Kooperators!
Interessant in diesem Zusammenhang ist, dass Abt Berthold Gamerith nach dem Kauf des Franziskanerklosters seine letzten Lebensjahre in Zistersdorf verbrachte und hier auch bestattet ist; seit 1972 ziert sein Wappen mit dem markanten Buchstaben Z (für Zwettl) den Eingang des Pfarrhofes.
Seit 1811 ist nun das ehemalige Franziskanerkloster Mittelpunkt des pfarrlichen Lebens, große Pfarrerpersönlichkeiten haben das kirchliche, gesellschaftliche und kulturelle Leben in der Stadt entscheidend mitgeprägt. Zahlreiche bauliche Maßnahmen wurden in der folgenden Zeit gesetzt – so erfolgte eine Generalsanierung des Pfarrhofes im Jahr 1970, die Kirche wurde außen und innen in den Jahren 1989/90 renoviert. 2014 wurde das Kirchendach erneuert. 2024 wurde die Kirche innen restauriert. Dabei wurden am Hochaltar, im Langschiff und in der Margaretenkapelle übermalte Fresken gefunden. Am Hochaltar und in der Margaretenkapelle, die zu einer Wochentagskapelle umgestaltet wurde, sind die Fresken freigelegt. 2026 wurde die Orgel saniert.
Bei all diesen Entwicklungen haben die Patres des Stiftes Zwettl eine bedeutende Rolle gespielt – seit mehr als 740 Jahren bestehen nun die Verbindungen mit dem Kloster Zwettl und seit dem Jahre 1424 wurde  Zistersdorf auch seelsorglich vom Kloster aus betreut! 
Über die Jahrhunderte wurde ein Grundsatz immer besonders hochgehalten: Kirche und Pfarrhof waren und sind stets ein Ort der Begegnung und immer offen für alle, die Hilfe, Trost oder Rat brauchen.